Mayoritas serangan penyakit cupang hias timbul lantaran sanitasi akuarium tidak terjaga karena sisa pakan, kotoran, dan jarang mengganti air. Dengan kondisi tersebut penyakit yang dapat menyerang antara lain whitespot, velvet, busung, dan berak putih.

Penyakit whitespot timbul karena cendawan Ichtyophthirius multifillis. Cupang yang terserang memperlihatkan tanda bintik hingga bercak-bercak putih di tubuhnya. Serangan whitespot ringan dapat diatasi dengan menaruh cupang di dalam akuarium yang dibubuhi 1 sendok teh garam dapur dan tercampur homogen. Diamkan cupang sakit selama 30-40 detik, lantas pindahkan ke akuarium bersih. Ulangi perlakuan itu selama 2-3 hari berturut-turut.

Serangan velvet karena parasit Saprolegnia sp menyebabkan sirip cupang hias menguncup. Untuk mengatasi, siapkan wadah besar, lantas taruh obat anticendawan seperti fishmate atau rootstop dosis 0,5 ml per 4 liter air yang ditambah 4 sendok makan garam per 10 liter air. Biarkan cupang dalam wadah itu selama 10 menit. Berikutnya pindahkan cupang ke wadah lain yang diberi antibiotik seperti Furazolidon, Oktazin, atau Tetrasiklin sebanyak 12,5 gram/liter air selama 30 menit, sebelum dipindahkan ke akuarium bersih.

Penyakit busung karena bakteri Salmonella lebih sulit terdeteksi pada cupang. Gejala serangan terlihat bila perut cupang tampak buncit. Untuk mengatasinya, segera rendam cupang selama 1-2 jam dalam larutan antibiotik. Hal sama berlaku untuk mengatasi penyakit berak putih.