Pemilihan induk jantan dan betina ikan nila dapat dilakukan secara manual. Ikan nila berumur 5-6 bulan biasanya sudah matang gonad dan sudah masuk dalam kategori calon induk. Induk jantan umumnya lebih berat daripada betina, bobotnya 200-300 gram/ekor; betina 150-200 gram/ekor. Pada bobot betina seperti itu, sekali memijah betina dapat memproduksi 300-1.500 butir.

Jenis kelamin ikan nila dapat dilihat dari sifat sekundernya. Ikan nila jantan mempunyai ciri khusus seperti berwarna tubuh lebih gelap dengan ujung sirip punggung dan ekor cerah, serta ukuran sisik lebih besar. Sirip punggung dan sirip ekor ikan nila jantan tampak seperti garis putus-putus; betina, garisnya tidak putus dan cenderung melingkar.

Kelamin ikan nila jantan terlihat sebagai tonjolan agak runcing yang berfungsi sebagai saluran urine sekaligus sperma dengan posisi di depan anus. Perut ikan nila jantan bila diurut perlahan-lahan akan mengeluarkan cairan bening, terutama ketika memasuki musim pemijahan alami di awal musim penghujan. Sementara ikan nila betina mempunyai lubang genital terpisah dengan saluran urine yang terletak di depan anus.