Secara alami alam menyediakan pakan alami lele. Pada kondisi pemeliharaan biasa keberadaan pakan alami itu sudah cukup. Namun pada budidaya intensif dengan padat tebar tinggi serta waktu budidaya singkat memerlukan jaminan asupan pakan yang mencukupi kebutuhan populasi lele yang dipelihara. Jaminan pakan itu dapat diperoleh dari pakan pabrik. Pakan pabrik sudah dirancang dalam penyusunan formulasi sehingga ikan akan memperoleh keseimbangan energi yang berasal protein dan lemak.

Keseimbangan energi itu sulit dicapai bila mengandalkan pakan alami. Sebagai gambaran protein dan energi harus seimbang karena mempengaruhi rasio pertumbuhan ikan. Beberapa peternak sering mengombinasikan pemberian pakan alami dan pakan pabrik, tapi perlakuan itu kerapkali membuat kecukupan nutrisi sulit terjaga dan berdampak pada pertumbuhan lele yang tidak sempurna seperti kepala lele menjadi besar, tapi bertubuh kecil. Produksi lele seperti itu tidak diminati pasar.

Meski demikian pakan alami  tetap merupakan pakan terbaik untuk fase tertentu. Itu karena pakan alami memiliki kandungan nutrisi yang tidak tergantikan oleh pakan pabrik. Contoh Daphnia sp. Zooplankton itu merupakan pakan alami terbaik pada fase larva. Selain ukuran daphnia sesuai dengan bukaan mulut larva, kadar protein daphnia juga tinggi, mencapai 42-54% dengan 6,5-8% lemak.

Sejatinya peternak pun dapat mengkultur atau membudidayakan aneka pakan alami seperti cacing sutra (tubifex), cacing lumbricus, ulat hongkong, kroto, tetraselmis, chlorella, spirulina, artemia, infusoria, kutu air, dan jentik nyamuk. Namun, kendala pada pakan alami adalah kontinuitas dan tingkat produksi yang cenderung berfluktuatif.

Sebab itu pakan pabrik menjadi pilihan karena memang memiliki kelebihan seperti komposisi gizi lengkap sesuai kebutuhan, mudah diperoleh, praktis, dan lebih aman terkait penyakit. Dari riset terlihat pemakaian pakan pabrik mampu menaikkan bobot biomassa ikan hingga 4 kali lipat. Harga pakan pabrik relatif mahal karena harga dari bahan penyusun utama seperti tepung ikan cukup tinggi.

Tepung ikan sejauh ini merupakan sumber protein paling baik karena memiliki sederet asam amino esensial penting bagi ikan seperti lisin dan metionin. Keduanya merupakan asam amino esensial untuk pertumbuhan dan perkembangan ikan. Tepung ikan berkualitas mengandung 60-80% protein dengan 80-95% dapat dicerna oleh ikan.