Supaya dapat menghasilkan tomat hidroponik bermutu dan produksi tinggi, langkah pertama dimulai dari pembibitan. Pertamakali semai benih tomat dalam media tray dengan media tanam arang sekam. Setelah berumur 1 minggu, pindahkan bibit ke dalam polibag ukuran 10 cm x 10 cm. Siram setiap hari dengan air tanpa nutrisi selama sepekan. Pekan berikutnya tanaman diberikan larutan nutrisi AB Mix dengan konsentrasi 0,5 mS selama 2 pekan sebelum dipindah kembali ke polibag ukuran 30 cm x 30 cm dengan media serupa, arang sekam.

Saat penyusunan polibag di dalam greenhouse (greenhouse penting untuk mengurangi risiko serangan hama dan penyakit), jarak antarpolibag diatur 60 cm x 40 cm. Ketika tinggi tanaman mencapai 1 meter, batang tanaman dirambatkan pada seutas tali secara vertikal agar mempermudah panen. Batang tanaman juga perlu dilengkungan karena tinggi batang dapat mencapai 4-5 meter.  Sesudah 1,5 bulan atau sekitar 40 hari dari polibag, tandan buah akan muncul pertamakali di ruas tanaman. Setiap tandan akan keluar berselang 3 ruas.

Yang perlu diingat, penyerbukan memegang peranan penting. Penyerbukan dilakukan manual dengan menggoyangkan tandan memakai tongkat yang diberi lilitan busa. Tujuannya supaya serbuk sari jatuh pada kepala putik. Waktu terbaik penyerbukan manual tersebut antara pukul 09.00-10.00. Pada waktu itu kelopak bunga mekar sempurna.

Saat tanaman sudah berbuah sebesar ukuran kelereng, lakukan seleksi agar buah tumbuh maksimal, tidak saling mengimpit, serta seragam. Untuk tomat beef sisakan 4-5 buah per tandan, sedangkan tomat ceri tidak perlu dilakukan seleksi. Hal itu karena dompol tomat ceri berjarak renggang sehingga buah tidak bakal saling berimpit seperti dijumpai pada tomat beef. Satu dompol tomat ceri dapat berisi 20-25 buah.

Budidaya hidroponik menuntut perlakuan tepat nutrisi. Biasanya pemberian nutrisi dilakukan dengan sistem irigasi tetes. Pada kondisi temperatur normal, 26 derajat Celcius, aliran nutrisi dilakukan sebanyak 3 kali sehari. Saat cuaca panas mencapai 31 derajat Celcius, nutrisi diberikan hingga 5 kali sehari. Pastikan pula media tetap lembap. Kadar konsentrasi nutrisi sebelum tanaman berbuah berkisar 1-2 mS dan 3-5 mS saat berbuah. Dengan cara tersebut produksi tomat beef, misalnya dapat mencapai 3-4 kg/tanaman. Produksi itu cukup tinggi karena rata-rata produksi tomat di dataran tinggi sekitar 2-3 kg/tanaman dan 1-2 kg/tanaman di dataran rendah.